洁净实验室是一个全封闭系统，按照等级要求设置人流、物流、污物流，净化区与非净化区之间应设置缓冲（风淋室、货淋室、气闸室），不同洁净等级之间有气流交叉时应设缓冲间，物流经过不同区域是应设传递窗。
洁净室是指空气悬浮粒子浓度受控的房间。它的建造和使用应减少室内诱入、生产及滞留的粒子。室内其有关参数如温度、湿度、压力等按要求进行控制。
按有无污染性、病毒性等物质生成分为正压实验室和负压实验室。正压实验室一般是主实验区压力梯度，其他区域或辅助区域逐级递减；负压实验室一般是主实验区负压，其他区域或辅助区域逐级减小负压，并在其附近设置正压区域，防止室外非洁净空气进入实验区，污染实验室。
正压实验室宜设置送回风净化方式，负压实验室应设置全送全排净化方式。室内无排风设备的送风系统时，送风方式为定送调回方式控制室内压差梯度；室内有其他排风设备的送风系统时，宜设置定回（排）调送方式控制室内压差梯度，有排风设备的房间，排风与送风联动，增补送风量来维持室内压差梯度。
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